- Dnešní oblast Vodic byla osídlena již v antických dobách pod názvem Arauzona a vedla tudy důležitá římská obchodní stezka, podél níž vznikla řada osad. O tom svědčí nálezy v archeologických lokalitách v okolí (Velika Mrdakovica).
- Název Vodice se v historických pramenech poprvé objevuje v roce 1402 a je odvozen od pramenů vody, kterými je tento kraj velmi bohatý a určil směr rozvoje města. V té době tu byl postaven první kostel - sv. Kříže (Sveti Križ).
- Do roku 1409 vládli zdejšímu kraji i celému Chorvatskému království uherští králové.
- V roce 1412 město přechází pod správu Benátek. Kvůli blížícímu se tureckému nebezpečí se obyvatelstvo z vnitrozemí uchýlilo na pobřeží. Proto byly Vodice začátkem 16. století obehnány hradbami a opevněny třemi obrannými věžemi. Díky tomu se i následujícím století stateční Vodičané několikrát ubránili tureckému útoku. Z té doby také pochází dochovaná věž Ćorićev turanj, stojící však mimo hradby.
- Definitivní odchod Turků přinesl zdejšímu kraji prosperitu, město se začalo rozšiřovat mimo hradby, rostl počet obyvatel, byl postaven nový kostel a Vodice se staly hospodářským střediskem kraje.
- Po pádu Benátek v roce 1797 přešel celý šibenický kraj do rukou Rakušanů.
- Krátké období francouzské Napoleonovy vlády (1806 - 1813) znovu vystřídalo panství Rakušanů, kteří zůstali u moci až do roku 1918.
- Za jejich vlády byly postaveny silnice, škola, ze zdejší přístavu se vyváželo víno a další zemědělské produkty.
- Po první světové válce Chorvati přistoupili k jihoslovanskému státu - Království Srbů, Chorvatů a Slovinců.
- Za druhé světové války obsadili město Italové a poté fašistické Německo.
- Po válce se Vodice staly součástí Chorvatska v rámci federativní komunistické Jugoslávie.
- Od roku 1993 patří pod správu samostatného Chorvatska.