- Ve 3. stol. př. n. l. založili zde Řekové osadu Tragurion , což znamená osada pod Kozím vrchem, podle koz, které se du vyskytovaly.
- Ve 2. stol. před n. l. ji dobyli Římané, opevnili a stala se významným přístavem. Převzali do latiny řecký název Tragurium a z toho pak vznikl dnešní chorvatský název Trogir.
- Větší rozkvět osady brzdilo sousedství Salon (dnešní Solin u Splitu), hlavní město římské provincie Dalmácie.
- Po jeho zničení Avary a Slovany v 6. stol. se část utečenců uchýlila do opevněného Trogiru. Většina našla útočiště v Diokleciánově paláci ve Splitu.
- Nový rozmach za chorvatských a uhersko-chorvatských králů, kteří přiznali městu autonomii. Rozvíjel se obchod a mořeplavba.
- Přes mnohaletý odpor Trogiru se Benátčanům v roce 1420 podařilo město dobýt a usadit se zde na necelých 400 let. Z doby benátského panství se datuje opevnění postavené na antických základech, dále pevnost Kamerlengo, věž sv. Marka, paláce, kostely, městská lodžie a další. Také byla po 400 letech dokončena stavba trogirské katedrály.
- Benátské panství v roce 1797 vystřídali Rakušané, nakrátko Francouzi (1805 - 1813), potom na sto let až do roku 1918 opět Rakušané.
- Od r. 1918 patřil Trogir stejně jako celá Dalmácie do Království Srbů, Chorvatů a Slovinců.
- Za druhé světové války ho okupovali nejprve Italové, poté i Němci a osvobození se dočkal v roce 1944.
- Po válce byl součástí socialistické Jugoslávie a od roce 1993 samostatné Chorvatské republiky.